1897 erging der Beschluss durch das Generalvikariat in Paderborn an die seit 1846 existierende St. Mariengemeinde ein neues Rektorat in Witten-Heven zu gründen. Durch die Industrialisierung kamen immer mehr Katholiken in das protestantische Witten, sodass neben St. Marien (Witten-Mitte) und St. Josef (Witten-Annen) eine weitere Kirchengemeinde notwendig wurde. Die Planung übernahm der Paderborner Diözesanbaumeister Arnold Güldenpfennig. Er baute unter anderem auch die St. Josefs-Kirche in Annen. Im November 1903 erfolgte die Grundsteinlegung. Die Errichtung der Kirche erwies sich anfangs schwieriger als erwartet. Da der Untergrund stellenweise erst in 10 bis 12 m Tiefe einen festen Boden auswies, und außerdem auch das Grundwasser große Probleme bereitete, mußte man dazu übergehen, die Kirche auf Pfeilern und Bögen zu errichten. Die Kirche wurde im spätgotischen Baustil durchgängig in rotem Ziegelsteinwerk erbaut. Die Verzierungen und Fenstermaßwerke sind in Sandstein gehalten. Der Turm ist 49 Meter hoch. Am 13. November 1904 wurde die Kirche durch Dechant Haupt aus Hattingen auf den Titel des Hl. Josef gesegnet und der Gemeinde übergeben. Vorerst wurde das Rektorat seelsorgerisch durch die St. Mariengemeinde mit betreut. Die Orgel, der Altaraufsatz und die Kanzel stammen aus der damals frisch renovierten und umgebauten Marienkirche.

Der erste Weltkrieg forderte hohe menschliche und finanzielle Opfer von der Gemeinde. Sämtliche Orgelpfeifen und 2 Glocken mussten als Metallspende abgeliefert werden. Die Glocken konnten erst 1924 wieder ersetzt werden. Im gleichen Jahr wurde der Hochaltar aus St. Josef in Annen erworben. Ebenso wurde die Gemeinde von den Auswirkungen des Zweiten Weltkriegs 1944 betroffen und die Kirche nicht verschont. Ende 1944 wurde die Kirche bei einem Luftangriff auf Witten massiv geschädigt. Das Dach wurde abgedeckt, fünf Fenster nebst Maßwerk zerstört, 3 geschädigt. Das Gewölbe über der Orgel war zerbrochen, eine Stabbrandbombe war ohne zu zünden in die Orgel eingeschlagen, andere brannten auf dem Gewölbe aus. Nach einem erneuten großen Luftangriff am Patronatsfesttag am 19.März 1945 war die Wittener Innenstadt zu 80% in Schutt und Asche gelegt. Das gerade notdürftig reparierte Dach wurde wieder abgedeckt und alle Fenster zerstört. 1950 konnten die letzten Kriegsschäden an der Kirche und dem Pfarrhaus fachgerecht repariert werden. Die Notverglasung der Fenster wurde erneuert. Seit 1954 steht die Kirchengemeinde unter dem Patronat des Hl. Franziskus. Der Patronatswechsel war nach der Eingemeindung Annens mit seiner St. Josefs-Gemeinde nötig geworden.

Die Kirche hat noch Besonderheit - sie ist (wie übrigens auch die evangelische Kirche in Bommern) nicht "geostet". Normalerweise ist der Altar einer Kirche und damit auch der gesamte Bau immer nach Osten ausgerichtet. Diese aber ist genordet - es ging wegen der Grundstückslage nicht anders. Aber dadurch fällt die Morgensonne durch das Franziskus-Fenster herein.

1960 wurde eine umfassende Kirchenrenovierung eingeleitete 1960 ein. Dabei wurden entstandene Bergschäden und die neogotische Ausstattung der Kirche beseitigt. Der Hochaltar von 1924 wurde durch einen neuen ersetzt. Das geschlossene mittlere Chorfenster wurde wieder geöffnet. Die bunt bemalten Terrakotta Heiligenfiguren wurden braun überstrichen. 1970 erfolgte eine weitere Kirchenrenovierung und Umgestaltung des Chorraumes. Die alte Altarplatte wurde gekürzt und fand im vorgezogenen, neuen Altar Verwendung. Die Reliquien der römischen Märtyrer Simplicius und Mansuetus aus dem alten Altar fanden auch in dem neuen Altar ihren Platz. Der Kirchenraum wurde in sehr schlichten Farbtönen ausgemalt. In den Kirchturm wurde eine als Geschenk aus St. Barbara, Wanne-Eickel, erhaltene Glocke eingebaut. Die drei alten Glocken von 1924 stellen heute das  älteste vollständige Geläut der Wittener Innenstadtkirchen dar. 1974 erhielt die Kirche erstmalig eine neue Orgel. 1977 und 1983 wurde die Kirche außen renoviert und 1987 auch Innen. Der Tabernakel und der Taufstein wechselten ihren Aufstellungsort, sodass der Tabernakel jetzt im Scheitelpunkt des Chorraumes und der Taufstein in der linken Seitenkapelle steht. Die schlichte Kanzel von 1960 wurde abgerissen und ein Ambo rechts neben dem Altar aufgestellt. Die Kirche erhielt eine neue Ausmalung, die sich behutsam an die alte neogotische Ausmalung anlehnte.

Der Grundriss zeigt den klaren Aufbau einer dreischiffigen Kirche mit geraden Abschlüssen der Seitenschiffe, einer großen Kapelle im Westen. Der Turm, in den hinteren Teil der Kirche eingezogen, steht somit seitlich im Osten des Langhauses. Das Hauptportal, als einziges der vier Portale reichhaltiger verziert, besitzt einen viergliederigen Aufbau. Über dem eigentlichen Portal erheben sich drei gotische Bögen mit Figurenpodesten, die aber nie Figuren trugen

 Die Heilige Familie
Egbert Lammers , 1949

 Majestas Domini

umgeben von den 4 Evangelistensymbolen.

Unten: die fünf klugen Jungfrauen.
Griesenbrock 1960

 Flucht nach Ägypten.
Egbert Lammers , 1949

 Majestas Domini

umgeben von den 4 Evangelistensymbolen.

Unten: die fünf klugen Jungfrauen.
Griesenbrock 1960

 Die Heilige Familie
Egbert Lammers , 1949

Im Pfarrsaal hängt eine Kopie des San-Damiano-Kreuzes. Vor dem Original in der kleinen Kirche hatte Franziskus gebetet und die Aufforderung gehört: „Baue meine Kirche wieder auf.“

Im Mittelpunkt der katholischen Messfeier steht das eucharistische Hochgebet mit der Verwandlung von Brot (Hostien) und Wein zu Leib und Blut Christi, welches den Gläubigen in der anschließenden Kommunion gereicht wird. Die geweihten Hostien werden im Tabernakel in den Kirchen aufbewahrt und repräsentieren die Gegenwart Christi, was durch ein ständig brennendes Licht, das sogenannte ewige Licht, angezeigt wird.

Der gesamte Chorraum der St. Franziskus Kirche und so auch der Tabernakel wurden Anfang der 70er-Jahre von dem Bildhauer Josef Baron gestaltet. Dieser war gemeinsam mit Beuys und Heerich Meisterschüler von Mataré. Viele Sakralbauten in Deutschland tragen seine künstlerische Handschrift (Kirchen und Klöster in Paderborn, Fulda sowie die Annenkapelle im Dom zu Hildesheim). Seit 1987 steht der Tabernakel, der wegen der Liturgiereform in der linken Seitenkapelle aufgestellt war, wieder in der Achse des Chorraumes. Er zeigt ein aufbrechendes Kreuz, das von vier Engeln umgeben ist und so auf das Transzendentale hinweist.

Die Chronik der Kirche und Gemeinde

1897 Damals erfolgte der Beschluss durch das Generalvikariat in Paderborn an die seit 1846 existierende St. Mariengemeinde ein neues Rektorat im Westen Wittens, also Heven, zu gründen. Durch die Industrialisierung kamen immer mehr Katholiken in das protestantische Witten, sodass neben St. Marien und St. Josef eine weitere Kirchengemeinde notwendig wurde. Die Planung übernahm der Paderborner Diözesanbaumeister Arnold Güldenpfennig. Er baute unter anderem auch die St. Josefskirche in Annen und das Generalvikariat in Paderborn. Im November 1903 erfolgte, während in Paderborn Dr. Wilhelm Schneider Bischof war, die Grundsteinlegung an der Herbeder Str. 28. Die Kirche wurde im spätgotischen Baustil durchgängig in rotem Ziegelsteinwerk erbaut. Die Verzierungen und Fenstermaßwerke sind in Sandstein gehalten. Der Turm ist 49 Meter hoch. Am 13. November 1904 wurde die Kirche durch Dechant Haupt aus Hattingen auf den Titel des Hl. Josef gesegnet und der Gemeinde übergeben. Vorerst wurde das Rektorat seelsorgerisch durch die St. Mariengemeinde mit betreut. Die Orgel, der Altaraufsatz und die Kanzel stammen aus der damals frisch renovierten und umgebauten Marienkirche.

1905 Als erster Seelsorger trat am 1. Januar 1905 Pfarrvikar Dr. A.P. Hille seine Stelle an.

1911 wurde der Mütterverein, die Jünglingssodalität (von lat. sodalitus: Kameradschaft) und der Kirchenchor gegründet. Die KAB bestand schon seit 1895.

1913 wurde das Rektorat St. Josef, vom ehemaligen Vikar St. Mariens und inzwischen zum damaligen Bischof von Paderborn ernannten Dr. Karl Josef Schulte, zu einer Pfarrei erhoben. Vikar Schulte betreute in den Anfängen ab 1895 hier die neugegründete KAB, später wurde er noch Kardinal von Köln.

1917 Der erste Weltkrieg forderte hohe menschliche Opfer von der Gemeinde. Auch mussten sämtliche Orgelpfeifen und 2 Glocken als Metallspende abgeliefert werden. Die Glocken konnten erst 1924 wieder ersetzt werden.

1924 Erwerb des Hochaltars aus St. Josef in Annen.

1928 Schließung des mittleren Chorraumfensters . An der Herbeder Straße 14 wurde für den Bau eines Vereinsheimes ein Anwesen gekauft.

1935 baute man neben der Kirche das Pfarrhaus und eine Vikarie.

1944 Von den Auswirkungen des Zweiten Weltkriegs wurden die Gemeinde und die Kirche nicht verschont. Ende 1944 wurde die Kirche bei einem Luftangriff auf Witten massiv geschädigt. Das Dach wurde abgedeckt, fünf Fenster nebst Maßwerk zerstört. 3 geschädigt, das Gewölbe über der Orgel war zerbrochen, eine Stabbrandbombe war ohne zu zünden in die Orgel eingeschlagen, andere brannten auf dem Gewölbe aus. Nach einem erneuten großen Luftangriff am Patronatsfesttag am 19. März 1945 war die Wittener Innenstadt zu 80% in Schutt und Asche gelegt. Das grad notdürftig reparierte Dach wurde wieder abgedeckt und alle Fenster zerstört.

1949 Das Vereinsheim konnte erste 1949 wiederbenutzt werden.

1950 konnten die letzten Kriegsschäden an der Kirche und dem Pfarrhaus fachgerecht repariert werden. Die Notverglasung der Fenster wurde erneuert.

1954 Seit 1954 steht die Kirchengemeinde unter dem Patronat des Hl. Franziskus. Der Patronatswechsel war nach der Eingemeindung Annens mit seiner St. Josefsgemeinde nötig geworden. Das neue Patronat geht auf einen Vorschlag des damaligen Pfarrers Rechmann zurück.

1960 Sein Nachfolger Clemens Remmel leitete eine umfassende Kirchenrenovierung ein. Dabei wurden entstandene Bergschäden und die neogotische Ausstattung der Kirche beseitigt. Der Hochaltar von 1924 wurde durch einen neuen ersetzt. Das mittlere Chorfenster wurde wieder geöffnet. Die bunt bemalten Terrakotta Heiligenfiguren wurden braun überstrichen.

1964 Nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil und der Liturgiereform wurde am Gründonnerstag 1964 zum ersten Mal die Hl. Messe zur Gemeinde hin gefeiert. Als Altar diente ein Tisch.

1970 erfolgte eine weitere Kirchenrenovierung und Umgestaltung des Chorraumes. Die alte Altarplatte wurde gekürzt und fand im vorgezogenen, neuen Altar Verwendung. Die Reliquien der römischen Märtyrer Simplicius und Mansuetus aus dem alten Altar fanden auch in dem neuen Altar ihren Platz. Der Kirchenraum wurde in sehr schlichten Farbtönen ausgemalt. In den Kirchturm wurde eine als Geschenk aus St. Barbara, Wanne Eickel, erhaltene Glocke eingebaut. Die drei alten Glocken von 1924 stellen heute das älteste vollständige Geläut der Wittener Innenstadtkirchen dar. Im Juli fand die Priesterweihe von Frater Bonifatius in der St. Franziskus statt. 1966 Einweihung eines neuen Kindergartens am Wannenbach.

1974 erhielt die Kirche erstmalig eine neue Orgel.

1977 Abriss des alten Pfarrheims,´Juppshaus` und Erweiterung zum neuen Pfarrheim durch den Anbau vor und hinter dem alten Pfarrsaal. Einbau einer gebrauchten Kegelbahn.

1977 und 1983 wurde die Kirche außen renoviert und 1987 auch Innen. Tabernakel und Taufstein wechselten ihren Aufstellungsort, sodass der Tabernakel jetzt im Scheitelpunkt des Chorraumes und der Taufstein in der linken Seitenkapelle stehen. Die schlichte Kanzel von 1960 wurde abgerissen und ein Ambo rechts neben dem Altar aufgestellt. Die Kirche erhielt eine neue Ausmalung, die sich behutsam an die alte neogotische Ausmalung anlehnte.

1978 Einweihung der Emmaus-Kapelle in der neuen Boecker-Stiftung an der Breite Straße.

1999 wird auf dem Friedhof am Trantenrother Weg eine Trauerhalle errichtet. Das Gebäude entstand in Fertigbauweise. Gemeindemitglieder haben ehrenamtlich in vielen Arbeitsstunden den Aushub, die Fundamente und die Pflasterung innen und außen erstellt.

2000 Abriss des alten, 200 Meter von der Kirche stehenden, Pfarrheims an der Herbeder Straße. Es bestand aus dem alten, renovierten Saal und dem erst 1977 angebauten Pfarrheims. Verkauf des Grundstückes an die Stadt Witten. 2002 Sanierungsmaßnahmen an der Außenfassade der Kirche.

2003 Baubeginn des neuen Pfarrsaales und Umbau der alten Vikarie zum neuen Pfarrheim direkt neben der Kirche. Die Einweihung erfolgte 2004.

2012 Umbau des Kindergartens und Anbau mehrerer neuer Räume. 2016 In unserer Kirche wird eine neue, moderne Lautsprecheranlage eingebaut, sodass man überall in der Kirche alles verstehen kann.

2017 Nach mehreren Einbrüchen und Beschädigungen bzw. Vandalismus an und in unserem Kindergarten wird eine Alarmanlage eingebaut.

2018 Ab dem 1. Februar 2018 startet der Pastorale Raum Witten. Leiter des Pastoralen Raumes ist Pastor Barkey aus der St. Mariengemeinde und damit ist er auch Leiter unserer Pfarrgemeinde St. Franziskus. Der Kindergarten wird ab 1. August nicht mehr in Eigenregie, sondern von der Kita gGmbH vom Gemeindeverband Hagen-Witten betrieben.