Mit dem Übergang an Preußen gehörte auch die evangelische Gemeinde in Witten zur Evangelischen Kirche in Preußen bzw. deren westfälischen Provinzialkirche. Sie wurde der Superintendentur Hattingen zugeordnet. Heute heißt diese Verwaltungseinheit Kirchenkreis Hattingen-Witten und umfasst die evangelischen Kirchengemeinden der Städte Hattingen, Witten, Sprockhövel, Velbert-Nierenhof und Wetter-Wengern. Die acht evangelischen Kirchengemeinden der Stadt Witten sind:

• Annen
• Bommern
• Trinitatis (mit Christuskirche, Heven und Oberkrone)
• Herbede
• Johanniskirche (Innenstadt)
• Martin-Luther-Kirche, Rüdinghausen und Stockum.
• Die Anstaltsgemeinde des Diakoniewerks Ruhr wurde inzwischen der Innenstadt (Johanniskirche) zugeordnet.

Erst 1896 entstand in Witten die Evangelisch-Lutherische (altlutherische) Kreuzkirchengemeinde Witten. Diese Kirchen-Gemeinde gehört heute zum Kirchenbezirk Westfalen der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche. Ebenso befindet sich dort der Superintendentur des Kirchenbezirks Westfalen dieser lutherischen Kirche.

1834 konnten die Katholiken wieder eine eigene Gemeinde gründen, die zunächst zum Dekanat Hattingen gehörte. 1921 wurde Witten Sitz eines eigenen Dekanats, das heute zur Region Ruhr-Mark des Erzbistums Paderborn gehört. Als 1975 die Stadt Herbede eingemeindet wurde, behielt diese ihre Zugehörigkeit zum Bistum Essen bei und gehört damit als einziger Stadtteil von Witten einem anderen Bistum an. Pfarrgemeinden im Stadtgebiet Wittens sind

• St. Marien
• St. Vinzenz
• St. Joseph
• St. Pius
• St. Maximilian Kolbe
• St. Franziskus 
• Herz Jesu
• St. Peter und Paul Herbede.  

2013 lebten in Witten ca. 22.000 Katholiken.

1954 wurde das Karmelitinnenkloster in Annen errichtet.

Daneben gibt es noch verschiedene Freikirchen, darunter Freie evangelische Gemeinden (hier befindet sich der Sitz des Bundes Freier evangelischer Gemeinden in Deutschland) sowie eine Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten). Auch die Neuapostolische Kirche ist in Witten mit zwei Gemeinden (Mitte, Annen) vertreten.

Seit 1815 sind Juden in Witten urkundlich belegt. Die ca. 100 (Stand 2012) in Witten lebenden Juden gehören zur Jüdischen Kultusgemeinde Groß-Dortmund, besuchen aber teilweise auch Veranstaltungen und Gottesdienste der Gemeinden in Bochum und Hagen.

Die vier islamischen Gemeinden mit Moscheen in Witten (Annen, Herbede, Breitestr. und Wideystr.) wurden Ende des 20. Jahrhunderts durch türkische und bosnische Gastarbeiter gegründet.