Die erste urkundliche Erwähnung der Kirche St. Bartholomäus in der Ilzstadt war im Jahr 1328. Der Turm, der wohl aus dem 12. Jahrhundert stammt, ist der älteste erhaltene Teil. Nach dem Brand von 1412 erfolgte ein gotischer Umbau der Kirche. Bei der Beschießung der Ilzstadt 1482 erlitt sie schwere Schäden. Erst danach entstanden die Sakristei und die Seelenkapelle. 1855 erfolgte eine Renovierung der Kirche, deren Grabdenkmäler 1862 in die Spitalkirche St. Johannes kamen. 1897 wurde die Kirche nach Plänen von Johann Baptist Schott neugotisch umgestaltet. Das Langhaus erhielt eine Einwölbung statt der bisherigen Flachdecke, und an die Südseite des Langhauses trat ein Vorbau mit Eingangsportal. Der spätbarocke Hochaltar wurde abgebrochen, und die Kirche erhielt eine einheitliche neugotische Ausstattung.

Nach einer Renovierung 1954/1955 wurde 1965 die gesamte neugotische Ausstattung wieder entfernt, ebenso eine Lourdesgrotte von 1891 und eine Ölbergkapelle von 1901. Das Eingangsportal wurde neu gebaut und vor die Seelenkapelle verlängert. Die Altarraumgestaltung übernahm Wolf Hirtreiter. Die Orgel von Martin Hechenberger (1898) wurde 1967 durch Ludwig Eisenbarth und Wolfgang Eisenbarth erneuert. 1970 erfolgte eine Außenrenovierung.

Der letzte Gottesdienst in der Kirche St. Bartholomäus wurde am 18. Juni 2006 gefeiert – danach wurde die Kirche gesperrt, um sie für insgesamt 600.000 Euro einer kompletten Innensanierung zu unterziehen; ein Drittel davon muss die Pfarrei selbst aufbringen. Die Neugestaltung des Altarraums führte Manfred Mayerle aus München durch. Nach insgesamt einem Jahr wurde am 8. Juli 2007 schließlich der Abschluss der Renovierungsarbeiten gefeiert und die komplett neu gestaltete Kirche sozusagen wiedereingeweiht. Am 8. Juli 2007 wurde der Abschluss der Renovierung der Pfarrkirche mit einem Festgottesdienst gefeiert.

Der sechsgeschossige mittelalterliche Westturm trägt ein Spitzdach des 19. Jahrhunderts. Das Kirchenschiff hat ein abgewalmtes Satteldach. Der eingezogene Chor trägt ein Netzgewölbe mit Rautenfigurationen. Die Gewölbefelder sind mit 1965 aufgedeckten, um 1630 entstandenen Bildern der Apostel bemalt. Von der mittelalterlichen Ausstattung haben sich die drei spätgotischen Glasfenster in den östlichen Chorfenstern erhalten. Die beiden älteren entstanden um 1470 und stellen Maria mit dem Kind sowie den hl. Bartholomäus dar. Das dritte aus dem frühen 16. Jahrhundert zeigt die angebliche Hostienschändung der Passauer Juden von 1477, mit der die Vertreibung der Juden und der Bau der Salvatorkirche begründet wurde. Zudem galt ein Stein in der Südwand als der Stein „auf dem die hl. Gestalten zerstochen wurden“, während das dazugehörige Messer im Pfarrhof aufbewahrt wurde. Die weiteren Glasfenster in den Seitenfenstern des Chorhauptes von Franz Xaver Zettler aus dem Jahr 1897 zeigen die Verkündigung an Maria und die Taufe Jesu.

Vom barocken Hochaltar von 1736/1737, der von St. Salvator übernommen und 1897 abgebrochen wurde, stammen die fünf über den Raum verteilten Figuren, die Joseph Matthias Götz zugeschrieben werden (Aaron, Melchisedek, zwei Engel, Gottvater). Am rechten Seitenaltar befindet sich eine Muttergottes vom Ende des 15. Jahrhunderts, während das Triumphbogenkruzifix in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts entstand.