Bombenangriffe des Zweiten Weltkriegs zerstörten insbesondere diesen Teil des Friedhofs sehr schwer. Alleine drei direkte Bombentreffer wurden auf dieser verhältnismäßig kleinen Fläche registriert. Was die Bomben verschonten, wurde durch Plünderer geraubt oder zerstört. Im Zuge der Wiedergutmachung verpflichtete sich die Stadt Dortmund nach 1945 den jüdischen Friedhofsteil zu sanieren. Bombentrichter wurden beseitigt, die beiden Reihenfelder eingeebnet, Rasen ausgesät und eine neue Wegeanlage angelegt. Für die Dortmunder jüdischen Glaubens, die Opfer des national-sozialistischen Regimes wurden, wurde ein Denkmal mit Inschrift errichtet. Jüdische Bestattungen wurden auf dem Ostfriedhof ab 1936 eingeschränkt und 1943 eingestellt. Auch nach 1945 fanden hier keine jüdischen Bestattungen mehr statt; für sie wurde ein separates Areal des Hauptfriedhofs Dortmund reserviert.