Das Kloster Niedernburg  wurde um 730 gegründet und war bis 1806 ein Kloster der Benediktinerinnen. Von 1836 bis 2013 beherbergte es die Englischen Fräulein. Das Kloster soll um 730 durch die Agilolfinger (Herzog Odilo oder Tassilo III. von Bayern) gegründet worden sein. Andere urkundliche Aussagen darüber gingen beim Stadtbrand von 1662 und beim Stadtbrand von 1680 verloren. Seine erste urkundliche Erwähnung erfuhr das Kloster Niedernburg im Jahr 888. Das Kloster  erhielt 1010 von Heinrich II. die Reichsunmittelbarkeit verliehen. Der Name „Niedernburg“ (= untere Stadt, in Abgrenzung zum oberen bischöflichen Stadtteil) entsteht. 1045 trat die Ungarnkönigin Gisela in das Kloster ein, in dessen Kirche sie um 1065 nach ihrem Tod beigesetzt wurde. Im Jahr 1161 wurde das Kloster Niedernburg von Kaiser Friedrich I. dem Passauer Fürstbischof Konrad geschenkt, wodurch es die Reichsunmittelbarkeit wieder verlor. Der weite Grundbesitz des Klosters, das Abteiland, bildete dabei den wirtschaftlichen Grundstock für den Hochstift Passau.  Nach den Stadtbränden von 1662 und 1680, die auch das Kloster erfassten, wurde es erneut aufgebaut, konnte sich aber von den wirtschaftlichen Verlusten nicht mehr richtig erholen.Im Zuge der Säkularisierung wurde das Kloster 1806 schließlich aufgelöst. In der Klosteranlage wurde 1815 eine Besserungs- und Beschäftigungsanstalt der Polizei, 1822 eine Irrenanstalt und 1826 ein Taubstummenheim untergebracht. 1836 ist das Jahr des Neubeginns für das Kloster. Bischof Karl Joseph von Riccabona holte die Englischen Fräulein in die Gebäude, die hier das Gisela-Gymnasium Passau, die Gisela-Realschule Passau und ein Schülerinnenheim einrichteten.  Ab 1937 erfolgt der Abbau der klösterlichen Lehrkräfte, um es ab 1945 als Krankenhaus und Lazarett zu betreiben. Aber bereits am 4. Dezember 1945 nehmen die Englischen Fräulein den Schulbetrieb wieder auf. 1948 wird die Mittelschule für Mädchen eröffnet und ab 1950 wird zur Deckung des steigenden Platzbedarfs erweitert und modernisiert. Im Jahr 1963 bekommen die Englischen Fräulein das Erbbaurecht verliehen. Erst 1966 erfolgt die Namensgebung nach der dort begrabenen Ungarnkönigin Gisela in Gisela-Gymnasium und Gisela-Realschule. 1995 wurde das Kloster an die Diözese Passau als Schulträger übergeben. Weil zu wenig junge Frauen Ordensschwestern werden und die 15 verbliebenen Englischen Fräulein aufgrund ihres fortgeschrittenen Alters das Kloster nicht mehr betreuen können, wird das Kloster 2013 aufgelöst. Die Schwestern werden aber weiterhin in Passau leben; sie werden sich auch in der kommenden Zeit um die Armenspeisung kümmern.

Der romanische Baldachinaltar im Chor stammt aus dem 13. Jahrhundert, das Hochaltarkreuz entstand 1508. 

Gisela von Ungarn, geboren um 985 auf Schloss Abbach bei Regensburg in Bayern, gestorben  am 7. Mai 1060 in Passau, war Tochter des Herzogs Heinrich II. von Bayern und der Isabella von Burgund und die Schwester von Kaiser Heinrich II.

Sie wurde im Alter von zehn Jahren die Gattin des Königs Stephan I. von Ungarn. Als Königin ab 997 setzte sie sich sehr für die Glaubensverbreitung in Ungarn ein, ließ Kirchen und Klöster bauen. Ihr Sohn Emmerich starb 1031 durch einen Jagdunfall. In der ungarischen Tradition gilt Gisela als Anstifterin des Verbrechens, das ihr Mann nach dem Tod von Emmerich beging: um die Übernahme des Throns durch seinen nun in der Thronfolge folgenden Vetter Michael zu verhindern, der noch zum Heidentum neigte, ließ er ihm die Augen ausstechen und Blei in die Ohren gießen; sein Nachfolger wurde dann 1038 sein Neffe Peter. Gisela wurde nun von Glaubensfeinden verfolgt und gefangen. Nachdem 1041 eine Revolte des Adels König Peter gestürzt hatte - auch, weil er Gisela unwürdig behandelt habe - und ihrer Befreiung durch König Heinrich III. trat sie 1045 ins Benediktinerinnenkloster Niedernburg in Passau ein und wurde dort 1057 Äbtissin. Eine Kasel, die Gisela der Kirche in Székesfehérvár stiftete und die ihr Bild zeigt, wurde später der Krönungsmantel der ungarischen Könige. Ihr Grab im Kloster Niedernburg in Passau war lange Ziel ungarischer Wallfahrer. In Ungarn wird sie besonders in Veszprém verehrt, wo möglicherweise ihre Residenz war und wo bis 1217 ihre Krone verwahrt wurde; im 13. Jahrhundert wurde ihr dort eine Kapelle errichtet.